教育及工作经历
2008年-2012年 南京大学 软件学院 本科
2012年-2014年 南京大学 软件学院 硕士研究生
2012年-2014年 南京魔韵软件科技有限公司 联合创始人&COO
2014年-2017年 阿里巴巴集团国际业务事业部 技术专家
2018年-2024年 西湖大学-浙江大学联合培养 计算机科学与技术 博士研究生
研究方向
1. 基于质谱的蛋白质组学、代谢组学数据分析算法及软件研发
2. 质谱数据压缩算法与自研格式的研究
3. 质谱大数据信息挖掘平台的研发
4. 质谱全流程质控算法与自动化软硬件研发
个人简介
本人本硕毕业于南京大学软件学院，浙江大学-西湖大学联合培养博士。2014年进入阿里巴巴集团，2017年初参与集团Lazada诺曼底项目，任国内技术总负责人，组织完成Lazada在东南亚六国的电商系统全面重建及部署工作，同年晋升技术专家，任国际业务事业部Lazada卖家端Team Leader。
目前在山东第一医科大学医学人工智能与大数据学院读博士后。主要研究方向为基于质谱的多组学数据分析软件与算法研发，自研高性能质谱数据压缩格式，并基于该格式研发了工业级代谢组学半靶向分析平台MetaPro，靶向分析平台MRMPro，非靶向分析平台3D-MSNet, 质谱数据前处理质控平台InjectionPro, 学术级蛋白质组学DIA数据分析平台ProPro。其中工业级代谢组学全链路软件平台已部署于国内多个顶尖质谱实验室。
相关论文
1. Miaoshan Lu, Hengxuan Jiang, Ruimin Wang, Shaowei An, Jiawei Wang, Changbin Yu*. Injectiondesign: web service of plate design with optimized stratified block randomization for modern GC/LC-MS-based sample preparation[J]. BMC Bioinformatics, 2023(24): 489.
2. Miaoshan Lu, Junjie Tong, Weidong Fang, Jinyin Wang, Shaowei An, Ruimin Wang, Hengxuan Jiang, Changbin Yu*. Column storage enables edge computation of biological big data on 5G networks[J]. Mathematical Biosciences and Engineering, 2023, 20(9): 17197–17219.
3. Miaoshan Lu, Shaowei An, Ruimin Wang, Jinyin Wang, Changbin Yu*. Aird: a computation-oriented mass spectrometry data format enables a higher compression ratio and less decoding time[J]. BMC Bioinformatics, 2022, 23(1): 35.
4. Ruimin Wang, Miaoshan Lu, Shaowei An, Jinyin Wang, Changbin Yu*. 3D-MSNet: a point cloud-based deep learning model for untargeted feature detection and quantification in profile LC-HRMS data[J]. Bioinformatics, 2023, 39(5).
5. Ruimin Wang, Miaoshan Lu, Shaowei An, Jinyin Wang, Changbin Yu*. G-Aligner: a graph-based feature alignment method for untargeted LC-MS-based metabolomics[J]. BMC Bioinformatics, 2023, 24(1): 431.
6. Jinyin Wang, Miaoshan Lu, Ruimin Wang, Shaowei An, Cong Xie, Changbin Yu*. StackZDPD: a novel encoding scheme for mass spectrometry data optimized for speed and compression ratio[J]. Scientific Reports, 2022, 12(1): 5384.
7. Shaowei An, Miaoshan Lu, Ruimin Wang, Jinyin Wang, Hengxuan Jiang, Cong Xie, Junjie Tong, Changbin Yu*. Ion entropy and accurate entropy-based FDR estimation in metabolomics[J]. Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(2): bbae056.
8. Shaowei An, Ruimin Wang, Miaoshan Lu, Chao Zhang, Huafen Liu, Jinyin Wang, Changbin Yu*. MetaPro: a web-based metabolomics application for LC-MS data batch inspection and library curation[J]. Metabolomics, 2023, 19(57).
9. Ruimin Wang, Hengxuan Jiang, Miaoshan Lu, Junjie Tong, Shaowei An, Jinyin Wang, Changbin Yu*. MRMPro: a web-based tool to improve the speed of manual calibration for multiple reaction monitoring data analysis by mass spectrometry[J]. BMC Bioinformatics, 2024, 25(1): 60.
10. Robin Schmid, Steffen Heuckeroth,Ansgar Korf,Aleksandr Smirnov,Owen Myers,Thomas S. Dyrlund,Roman Bushuiev,Kevin J. Murray,Nils Hoffmann,Miaoshan Lu,et al. Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3[J]. Nature Biotechnology, 2023, 41(4): 447–449.
